A APOGEN tem como missão divulgar o conceito de medicamento genérico, contribuindo activamente para o desenvolvimento deste segmento de mercado em Portugal, tornando os medicamentos mais acessíveis, num sistema de saúde sustentável, permitindo a libertação de verba para a introdução no mercado de medicamentos verdadeiramente inovadores.

A principal actividade da APOGEN é monitorizar, estudar e analisar todos os aspectos científicos, legais, técnicos e económicos que tenham impacto na actividade comum dos seus Associados. Enquanto entidade constituída por vários associados, a APOGEN procura informar os seus membros de todos os actos que visem a manutenção da qualidade dos seus produtos e/ou processos. 

Neste sentido, a APOGEN desenvolve esforços perante os organismos oficiais competentes para melhorar a produção, comercialização, distribuição e venda de medicamentos genéricos e, em simultâneo, representa as empresas associadas perante a opinião pública.