A APOGEN é constituída por órgãos sociais que representam e gerem a actividade da associação: a Assembleia-Geral, a Direcção e o Conselho Fiscal. Estes órgãos sociais são eleitos bienalmente em Assembleia-Geral, sendo os seus associados representados por um elemento, nomeado para o efeito. 

A composição da Direcção da APOGEN para o biénio 2010-2011:
 
Presidente da APOGEN: Ratiopharm – Produtos Farmacêuticos, Lda. representada por Paulo Clímaco Lilaia

Vogal Secretário: Mylan, Lda. representada por João Manuel Cerejeira Félix

Vogal Tesoureiro: Farmoz – Sociedade Técnico Medicinal, S.A. representada por Maria do Carmo Neves

Secretário-Geral: António Telleria Teixeira 

A APOGEN conta com a cooperação permanente de três Comissões Técnicas, compostas por representantes dos membros da APOGEN e pelo seu Secretário-Geral:

 - CTAR: Comissão Técnica de Assuntos Regulamentares, cuja actividade consiste em dar apoio e aconselhamento na área regulamentar; 

- CTFE: Comissão Técnica de Fármaco-Economia, destinada a apoiar na elaboração de estudos e análises na área económica; 

- CTJL: Comissão Técnica Jurídico-Legal que analisa todos os aspectos que envolvem as práticas jurídicas no âmbito dos medicamentos genéricos.